Sans être expert dans ce domaine, je pense que le problème vient effectivement des extensions qui se chargent au démarrage qui doivent être en 64 bits pour qu'on puisse booter en 64 bits. C'est du moins ce que j'ai compris.
Les problèmes de compatibilités éventuelles lorsqu'on démarre en 64bits viennent des extensions oui.
Mais la limitation qui empeche les MacBook et Mac mini de booter sur le noyau 64bits, est artificielle, des personnes ont parfaitement réussi à les faire foncitonner sur ce noyau via le bootloader pcefi.
Un noyau 64bits peut sans problème être démarré par un firmware, BIOS ou EFI qui ne l'est pas. C'est ce qui est fait sur PC pour Linux ou Windows. Les BIOS sont pas 64bits (et même certians pas 32bits), et pourtant ils démarrent ces OS 64bits sans soucis.
Donc aussi bien la limitation à l'EFI 64bits que la limitation interdisant les MacBook et les Mac Mini de booter sur le noyau 64bits, sont des limitations artificielle mises en place par Apple.
Que ca soit avec l'EFI 32bits ou les MacBook et Mac Mini, des personnes (cf netkas.org) ont réussi à démarrer toutes les machines 64bits d'Apple, y compris celle en EFI 32bits, sur le noyau 64bits via le bootloader pcefi.
Par contre avec l'EFI 32bits, il faut forcément en passer par un bootloader, c'est peut être pour ca qu'Apple ne supporte pas les machines EFI 32bits, ils n'ont pas fait, volontairement ou non, de bootloader pour EFI 32bits.
Cela dit, je ne serais pas étonné de voir une mise à jour de rEFIt (un bootloader pour Mac qui offre un menu graphique de sélection de l'OS (pour le multi-boot) et en plus permet le démarrage d'OS BIOS (Linux, Windows) sur disques USB, ce que ne permet pas l'EFI de base (qui ne permet le boot sur USB que pour Mac OS X) qui offrira la possibilité de booter en 64bits sur toutes les machines 64bits, quelque soit l'EFI (32 ou 64bits).