C'est assez marrant parce que jusqu'à il y a une semaine, j'avais exactement la même vision que toi sur le retina Pascal_TTH. Je précise que comme toi, je suis continuellement en 1680x1050.
Dans tes soucis, j'aurais même rajoutée la sortie de veille pouvant prendre jusqu'à 10s avec passage sur un écran bleu entre temps ainsi que la nécessité régulière de devoir faire un reset SMC pour pouvoir pleinement profiter de notre nVidia. Les lags les plus marquant pour ma part était dans exposé où avoir plus de 4 apps ouvertes rendait l'animation extrêmement laborieuse...
Mais depuis la maj SMC & 10.8.3, version combo, (je ne sais pas donc pas qui résout quoi exactement) j'ai énormément de lag en moins, voir plus du tout parfois. Ou alors faut que je surcharge à mort la carte intel volontairement forcée. (exposé avec word, excel, powerpoint, vlc, photoshop, safari, finder & aperçu ouvert pas de lag, ajout de chrome, là ça lag, mais bon ça reste extrêmement poussée pour la CG intégrée)
Après, je n'ai pas de pdf de 200Mo pour pouvoir tester mais seul safari n'a pour moi rien changé. Mais pour pallier à cela je suis passé directement à Webkit et là je peux aller sur des sites comme theverge.com (bien lourd) et je n'ai pas un seul lag (une fois la page complètement chargée). (l'avantage de WebKit, c'est de ne voir aucune différence avec Safari)
Mais je comprend parfaitement ton ressenti et pour être passé d'un MBP 13" au retina 15" en août, j'ai également pendant plusieurs mois, eu la sensation de régression de l'expérience utilisateur malgré les specs décuplées. Même si, à l'heure actuel, je n'ai plus du tout le même avis que toi sur la machine étant donné que, pour moi, les maj ont réglé le soucis. J'ai par exemple testé le dossier "autres" sur launchpad et il n'y a pas de lag, pourtant avec le temps, je suis devenu expert en la detection et ironisation sur la "rapidité" de la machine.
PS : Par contre, j'avouerais que malgré ces lags très gênant, revenir en arrière et revenir sur un écran non retina me semble impossible pour ma part. J'ai trop pris goût à la résolution et ne plus voir aucun pixel. Ce qui dans mon cas ne me laisse absolument aucune alternative au rMBP, ce qui rend encore plus furieux envers Apple. On a l'impression d'être une personne à qui on donne des doses de sa drogue par petite dose et qui reste dépendant...