Hum, si je peux me permettre, il y a beaucoup plus d'autres facteurs susceptibles de poser des problèmes que ceux que tu évoques qui sont quasiment insignifiants (problèmes d'incompatibilités matérielles ou logicielles, erreurs d'écriture pendant la MAJ, etc.). Je préconise plutôt ceci :
1 - Sauvegarder votre disque système sur un autre disque (idéalement faire un clône, avec SuperDupper, CarbonCopyCloner, etc.) et vérifier la sauvegarde
2 - Télécharger la MAJ par le moyen qu'il vous plait 
3 - Si y'a plus rien qui marche revenir au clône.
D'autre part ce n'est pas une bonne idée de sauter sur des utilitaires de maintenance de tierce partie lors de ces MAJ. Une incompatibilité nouvelle avec un tel utilitaire pouvant s'avérer fatale. Donc pour les réparations de disque + autorisations suite à une MAJ, passez par l'utilitaire de disque d'Apple. Au passage un simple redémarrage avec la touche majuscule enfoncée permet de lancer une réparation de disque sans le DVD d'installation.
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